《办法》规定了宗教团体主要负责人的兼任、任期、驻会办公等事项。会长（主席、主任）应当是具有中华人民共和国国籍的内地居民，年龄一般不得超过70周岁，且不得兼任其他社会团体的会长（主席、主任）；会长（主席、主任）每届任期五年，一般可连选连任一届；会长（主席、主任）一般应当在团体驻会办公，特殊情况下不能驻会的，由常务副会长（常务副主席、常务副主任）负责团体日常工作，副会长（副主席、副主任）中应当至少有一位驻会。

《办法》明确规定了人民政府宗教事务部门作为业务主管单位对宗教团体的监管事项，主要包括：宗教团体登记管理相关事项，以及年度工作报告的审查和注销登记清算事宜；监督、指导宗教团体依法依章程开展活动、履行职能，并对违法行为依法予以处理；对宗教团体依法申请的审批事项进行审批、监督和管理；监督、指导宗教团体建立健全规章制度，加强思想建设、组织建设、作风建设和制度建设。《办法》还规定宗教团体需报人民政府宗教事务部门审核和书面报告的事项。

《办法》要求宗教团体应当建立健全内部管理相关制度，加强自身管理。明确规定，宗教团体应当规范相关会议制度，完善民主决策机制；制定工作规划和年度工作计划，明确远期目标和近期任务；制定本团体工作人员管理制度，规范工作人员行为和活动；建立负责人述职和民主评议制度、学习制度、财务制度；健全互联网宗教信息服务内部管理制度，遵守互联网宗教信息服务相关规定；依法办理税务登记和纳税申报，按规定享受税收优惠。

《办法》规定，宗教团体存在内部治理不规范、未按章程规定履行职责等问题的，人民政府宗教事务部门应当对其会长（主席、主任）进行工作约谈；情节严重的，给予通报批评、限期整改等。宗教团体违反国家社会团体管理、宗教事务管理有关规定的，由人民政府宗教事务部门、民政部门等依法处理；违反其他法律、法规的，依法追究法律责任。